Poznański Ogród Botaniczny powstawał w czasach odradzania się państwa polskiego dla potrzeb szkół średnich i powszechnych. Bezpośrednimi inicjatorami tworzenia Ogrodu Botanicznego (1922-1925), zwanego wówczas Szkolnym Ogrodem Botanicznym, byli dr Joachim Namysł, Władysław Marciniec i prof. Rudolf Boettner, który był pierwszym jego dyrektorem. Ogród podlegał administracyjnie Magistratowi i Kuratorium Okręgu Szkolnego Poznańskiego. Pieczę naukową natomiast przez cały czas sprawowali profesorowie Uniwersytetu Poznańskiego.

Na powierzchni ok. 2,5 ha stworzono obszerny Dział Systematyki Roślin z basenem dla roślin wodnych, działy ekologiczne oraz wybudowano halę dydaktyczną. Od roku 1928 Ogrodem zarządzała Państwowa Szkoła Ogrodnicza, której dyrektorem był mgr inż. Wacław Zembal. W roku 1930 Ogród został powiększony o dalsze 9 ha, na których wg projektu prof. Edwarda Strausa, powstał obszerny Dział Geografii Roślin oraz kwatery roślin ozdobnych.

Okres okupacji był dla Ogrodu, pod względem rozwoju kolekcji, okresem stagnacji. Po wojnie Ogród nadal pozostawał w gestii P.S.O. W roku 1949 na skutek reorganizacji, Ogród został przejęty przez Uniwersytet Poznański. Stał się on jednym z zakładów Katedry Systematyki i Geografii Roślin Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego. Ze swoimi bogatymi zbiorami stanowił doskonałą bazę do prowadzenia zajęć dydaktycznych. W tym czasie powstały nowe działy Ogrodu, takie jak step, torfowisko, wydma. Rozbudowano i modernizowano Alpinarium, którego budowę wg projektu Z. Hellwiga, rozpoczęto już w roku 1938. Wybudowano pierwszą szklarnię, budynek administracyjny i pomieszczenia naukowo-dydaktyczne. Sukcesywnie zwiększano kolekcje roślinne. Pracownicy Ogrodu prowadzili zajęcia dydaktyczne, praktyki studenckie oraz kierowali pracami magisterskimi.

W kolejnych latach – 70-tych i 90-tych – obszar placówki powiększał się, co umożliwiło rozwój kolekcji gruntowych, w tym budowę Działu Roślin Rzadkich i Ginących. Uformowano także naturalistyczny zbiornik wodny w miejscu przepływu cieku Seganka. Obecnie Ogród zajmuje powierzchnię ok. 22 ha, a zgromadzone taksony prezentowane są w 10 działach tematycznych.

Instytucja wspiera rozwój nauki udostępniając bogatą kolekcję roślin do celów badawczych. W Ogrodzie prowadzone są granty naukowe, w których uczestniczą pracownicy, a także podejmowane są inicjatywy związane z reintrodukują roślin zagrożonych wyginięciem.